1994年开始分税制改革，把税收分为三类：中央税（如关税）、地方税（如营业税）、共享税（如增值税），同时分设国税、地税两套机构，后来于2018年，国税地税再次合并。
分税制改革，地方阻力很大，之前在财政包干制下过得很好的地方，明确表示不同意分税制。为此，朱镕基总理亲自带队一个省一个省的去谈。
分税制改革中最重要的是增值税，它占全国税收总收入的四分之一，改革前，增值税是最大的地方税，现在中央要和地方分，很多地方就不同意了，说给地方留七成太少了，而中央的意思是你搞错了，七成是中央的，剩下三成才是地方的。事实上改革后共享税中央拿走75%，留给地方25%。当然为防止地方收入急剧下跌，中央设立了“税收返还”机制。
当时在广东省谈的时候气氛很紧张，时任广东省委书记的谢飞不说话，其他的人说一条，朱总理立即反驳回去，有个部长无奈的说：“朱总理，你这样说我们就没法谈了，您是总理，我们没法说什么”朱总理说：“没错，我就得这样，不然，你们谢飞同志是政治局委员，他一说话，那刘仲藜（当时财政部部长）他们说什么啊，他们有话说吗？”当然最后广东还是服从了大局。
分税制推行的很成功，根本上扭转了中央财政窘迫的现状。改革前中央收入占比从之前的22%一跃变成55%，并长期稳定在这一水平，切实增强了中央政府的宏观调控能力，为之后应付一系列重大冲击奠定了基础（例如：1997年亚洲金融危机、2008年全球金融危机和汶川地震），也保障了顺利改革和国家重点建设项目的顺利实施。
分税制后中央拿走了税收的大部分，但是地方政府要发展的任务没有改变。虽然中央会返还一部分，但是地方经济发展所需要的资金很大，地方政府只能从两个方面筹措资金：一方面努力增加税收规模；另一方面，就是围绕土地出让和开发所产生的“土地财政”。
改革前，企业的大多数税收按隶属关系上缴，改革后则变成了在所在地上缴，这样极大的刺激了地方政府招商引资，导致地方政府重视企业和生产，相对轻视民生和消费。这样倚重生产的税制，刺激各地竞相投资制造业、上马大项目，推动了制造业迅猛发展，加上我国充足的劳动力，我国在短短的三十年就成为世界第一制造业大国，当然付出的代价就是导致产能过剩和生态环境受到损害。（其实还有隐性的代价就是：政府重视生产，轻民生。总体大量资金积累在资产上，百姓收入低，消费低。所以我才明白为什么我们生活压力这么大，哈哈！）2007——2014年，地方政府的工业税收中，一半来自过剩产能行业。
2003年中央针对地方政府重视生产和基础设施建设，轻视民生。提出“科学发展观”，要求加重民生支出（教育、医疗、环保等），而这些钱都需要地方政府承担，加之改革后企业纷纷改制，利润不再上缴（可以理解为地方政府之前向企业收的是利润，之后收的才是税）；2001年税改中，中央政府又拿走了所得税的60%。基层政府的收入进一步减少，加剧了地方财政压力，地方政府不得不另谋出路，寻找资金来源，于是一场席卷全国持续三十多年的“土地财政”风暴汹涌而来。
1994年分税制改革时，国有土地转让的决定权和收益都留给了地方，当时这部分收益非常少，直到1998年开始停止福利分房，实行商品房拉开了房地产时代的序幕。此后又修订《中华人民共和国土地管理法》规定农村土地要想转为建设用地，必须经过征地后变成国有土地，直接确定了城市政府对土地建设的垄断权。
最初国有土地转让收入并不高，也未实行土地“招挂拍”（招标、拍卖、挂牌）制度，2001年治理土地开放中的腐败和混乱，国务院提出“大力推行招标拍卖”，各地政府开始大量征收农民土地再有偿转让，土地财政开始膨胀，到2010年土地出让收入占地方预算收入的68%。
土地转让虽然能带来收入，但是地方政府也要负担相关支出，比如征地拆迁补偿和“七通一平”等基础性土地开发支出。单纯的土地转让其支出与收入基本持平，有时甚至支出比收入还高。那为什么政府还要搞土地开发呢？真正原因是土地开发之后吸引来的工商业经济活动。
一方面低价供应大量工业用地，招商引资；另一方面限制商住用地供给。工业用地面积约占一半，但是出让价格极地，过去二十年仅仅上涨了85%，而商业用地价格上涨了4.6倍，至于住宅用地价格更是涨了7.4倍。
商业住宅用地面积只占出让土地的一半，但是贡献了几乎土地出让费，所谓的“土地财政”实质就是“房地产财政”。政府大力补贴工业用地，招商引资，推动制造业迅猛发展，而随着工业化和城市化的发展，原来的农民进城务工，大量新增人口进入城市，而城市住宅用地供给不足，房价自然飞涨，带动低价飞涨，土地拍卖的天价“地王”频出。地方政府发展经济的方式就从之前的“工业化”变成了“工业化与城市化”两手抓。
