秘鲁在大约公元前11,000年开始有人类的足迹。当地最早出现的复杂社会结构是公元前3,000至1,800年在沿海地区形成的小北史前文明，其后又相继出现查文文明、帕拉卡斯文明、莫奇卡文明、纳斯卡文明、瓦里文明和奇穆文明。在公元15世纪，印加人建立了印加帝国，并维持了一个世纪。该帝国是前哥伦布时期美洲的最大国家。印第安社会建基于农业，使用灌溉和梯田等种植法；美洲驼饲养和渔业也十分重要。因为没有市场或金钱的概念，社群的维系依赖互惠和再分配等机制。
1532年，弗朗西斯科·皮萨罗带领的征服者击败印加帝国皇帝阿塔瓦尔帕，西班牙自此开始对当地的统治。10年后，西班牙王国宣布成立秘鲁总督区，包含了西班牙在南美洲的大部分殖民地。总督弗朗西斯科·德托莱多于1570年代重组该国，银矿开采成为主要经济活动，被奴役的印第安人是主要的劳动力。秘鲁的矿藏为西班牙王国带来收入，也引发了一个伸延远至欧洲和菲律宾的贸易网络。但是，到了18世纪，减少中的银产量以及经济多样化大大削减了王国的收入。对此，王国实行波旁改革，增加税收，分割秘鲁总督区。新法例触法了图帕克·阿马鲁二世等人的起义，但他们全都被击败。
19世纪初期，独立战争在南美洲各地暴发，但秘鲁仍是君主主义者的大本营。因为菁英分子在独立与继续效忠西班牙王室两个选项之间发生分化，秘鲁的独立要到何塞·德·圣马丁和西蒙·玻利瓦尔发起军事行动后才成事。共和国成立初期，各地区军事领袖之间的权力斗争导致政局不稳。随着玻利瓦尔组建拉丁美洲联盟的计划遭遇失败，秘鲁-玻利维亚邦联成立不久后又告瓦解，秘鲁的国家认同也开始建立。从1840到1860年代，在总统拉蒙·卡斯蒂利亚的统治之下，海鸟粪出口带动国家收入增加，秘鲁随之稳定发展。但直到1870年代，这些资源逐渐被耗尽，国家严重负债，政客的内斗重新展开。
秘鲁在1879年至1883年间发生的太平洋战争被智利击败，在《安孔条约》和《利马条约》中割让阿里卡和塔拉帕卡省|塔拉帕卡两省。保守主义政党Partido Civil的执政暂缓了秘鲁战后的内部斗争，该党一直维持到独裁者奥古斯托·B·莱吉纳掌权。大萧条拖垮了莱吉纳政权，也引发了新一轮的政局混乱，秘鲁人民党随之而冒起。在往后的30年，秘鲁的政治形势都围绕着菁英份子联合军人与人民党的斗争发展。
1968年，胡安·贝拉斯科·阿尔瓦拉多将军带领武装部队对费尔南多·贝朗德·特里总统发动政变。贝拉斯科夺权后进行激进的改革以促进发展，但无法获得广泛支持。1975年，贝拉斯科被总理兼陆军部长弗朗西斯科·莫拉莱斯·贝穆德斯发动军事政变推翻，莫拉莱斯停止了贝拉斯科的改革进程，重新建立民主制度。1980年代，秘鲁面临巨额外债、高速通货膨胀、猖獗的毒品走私活动以及大范围政治暴力。在阿尔韦托·藤森的统治下，国家开始复苏；但独裁、贪污和侵犯人权等指控迫使藤森在2000年备受争议的总统选举后辞职。藤森时代结束后，秘鲁尝试在打击贪污的同时保持经济增长，现任总统是阿兰·加西亚·佩雷斯。
